Peu après la fin de sa carrière, Aleksandar Nikačević devient directeur sportif. Il occupe cette fonction dans l'équipe continentale serbo-monténégrine Aerospace Engineering en 2005, puis chez Endeka en 2006. Il devient également sélectionneur de l'équipe nationale serbe espoirs.
En , il est arrêté par la police italienne dans le cadre de l'opération «Via Col Doping». Le considérant comme la «plaque tournante» d'un trafic de produits dopants, le tribunal antidopage du Comité olympique national italien prononce une suspension de seize ans[1]. En 2015, cette suspension est ramenée à 4 mois, seule la revente de produits interdits étant finalement retenue contre lui[2].
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