La saison 1998-1999 du Championnat de Bahreïn de football est la quarante-troisième édition du championnat national de première division à Bahreïn. Les dix meilleures équipes du pays sont regroupées au sein d'une poule unique où elles s'affrontent deux fois, à domicile et à l'extérieur. En fin de saison, le dernier du classement est relégué et remplacé par la meilleure équipe de deuxième division tandis que l'avant-dernier doit affronter le vice-champion de D2 en barrage de promotion-relégation.
C'est Al Muharraq Club qui remporte la compétition, après avoir terminé en tête du classement final, avec neuf points d'avance sur Al-Ahli Club et onze sur le tenant du titre, Riffa Club. C'est le vingt-quatrième titre de champion de Bahreïn de l'histoire du club.
Finalement, la fédération bahreïnie change d'avis à l'issue de la saison et décide d'élargir le championnat à 12 équipes : Al Hilal Bahrain, initialement relégué, est repêché, tout comme Qalali FC, perdant du barrage de promotion-relégation.
Compétition
Classement
Le classement est établi sur le barème de points classique (victoire à 3 points, match nul à 1, défaite à 0).
Matchs
| Équipe 1 |
Résultat |
Équipe 2 | Aller | Retour |
| Budaiya Club (D1) | 5 - 2 | (D2) Qalali FC | 2 - 2 | 3 - 0 |
- À la suite de la modification du championnat par la fédération à l'issue du barrage, Qalali FC est promu en première division.
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