La saison 1999 du Championnat du Kirghizistan de football est la huitième édition de la première division au Kirghizistan. Les douze clubs engagés sont regroupés au sein d'une poule unique où ils s'affrontent deux fois, à domicile et à l'extérieur. En fin de saison, les trois derniers du classement sont relégués et remplacés par les trois meilleurs clubs de deuxième division.
C'est le Dinamo Bichkek, double tenant du titre, qui remporte à nouveau la compétition cette saison après avoir terminé en tête du classement final, avec six points d'avance sur le SKA-PVO Bichkek et sept sur le duo Zhashtyk Ak Altyn Kara-Suu-Polyot Bichkek. C'est le troisième titre de champion du Kirghizistan de l'histoire du club.
Avant le début de la saison, deux clubs changent de nom : le Sverdlovskye ROVD SK Bichkek devient le Polyot Bichkek et le National Guard Bichkek prend le nom de SKNG-Guardia Bichkek. De plus, c'est le Dordoi Naryn qui est promu en première division, à la place du club de Manas Talas.
Compétition
Le barème de points servant à établir le classement se décompose ainsi :
- Victoire : 3 points
- Match nul : 1 point
- Défaite : 0 point
Classement
- Le club d'Energetik Karakol se retire du championnat à l'issue de la phase aller. Le Dinamo Ala-Buka est quant à lui exclu de la compétition
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