La saison 2008-2009 de la Coupe du Trône est la cinquante-troisième édition de la compétition. Elle débute le .
Cette coupe est une nouvelle fois remportée par les FAR de Rabat, qui battent le FUS de Rabat en finale.
| Date |
Équipe 1 |
Équipe 2 |
Résultat |
| ASOFP | Majd Madina Casablanca | 1 - 0 |
| Chabab Ismailia Meknès | FCM | 1 - 3 |
| Club des Étudiants de Tétouan | Renaissance Martil | 0 - 1 |
| Ahram El Bidaoui | ERM | 0 - 1 |
| CSS | Wafaa Sidi Moumen | 0 - 1 |
| Renaissance Sportive de Berkane | Etoile Oujda | 1 - 1 (8-9 tab) |
| CS Manar Boujdour | Renaissance Sportive Tantan | 4 - 2 |
| Najah Meknes | CSCA | 1 - 0 |
| Raja Agadir | AUAS | 1 - 1 (4-5 tab) |
| Najah Souss Agadir | AS Chabab El Khayame | 0 - 1 |
| Oued Zem | USAZ | 1 - 0 |
| Chabab Atlas Khénifra | AAEH | 2 - 0 |
| Chabab Ben Guérir | Taraji | 1 - 0 |
| Union Sportive Aït Melloul | Amal Talabat Biokri | 4 - 0 |
| Chabab Kasba Tadla | Fath Sidi Bennour | 2 - 1 |
| Hassania Benslimane | Renaissance Tiflet | 1 - 0 |
| Renaissance de Tarfaya | AZAQ | 0 - 0 (7-6 tab) |
| Renaissance d'Oujda | Hilal Association Nador | 1 - 3 |
| CJBG | Union Touarga Sport Rabat | 1 - 0 |
| ASOFP | Najm Soualem | 0 - 0 (2-4 tab) |
| CCA | Wydad Smara | 0 - 1 |
| USLA | ASMJ | 1 - 0 |
| USTA | Qods Taza | 1 - 0 |
| ASM | Association d'Asila | 1 - 0 |
| CSF | Chabab Larache | 1 - 0 |
| AUIF | Intila9 Taourirte | 0 - 0 (3-4 tab) |
| TACM | CSM Ouarzazate | 0 - 4 |
| Fath Riadi Nador | USJ | 2 - 1 |
| Date |
Équipe 1 |
Équipe 2 |
Résultat |
| Najah Meknes | FCM | - |
| Najm Soualem | ASOFP | 1 - 0 |
| Wafaa Sidi Moumen | ERM | - |
| CJBG | Hassania Benslimane | 1 - 0 |
| USLA | ASM | 1 - 2 |
| Intila9 Taourirte | Fath Riadi Nador | 2 - 3 |
| Oued Zem | Chabab Kasa Tadla | 0 - 2 |
| Etoile Oujda | Hilal Association Nador | 0 - 3 |
| Chabab Ben Guérir | CSM Ouarzazate | 2 - 1 |
| Qods Taza | CAK | 1 - 1 (5-4 tab) |
| Wydad Smara | CS Manar Boujdour | 2 - 0 |
| Renaissance de Tarfaya | Union Sportive Aït Melloul | 0 - 2 |
| AUAS | AS Chabab El Khayame | 1 - 2 |
| CSF | Renaissance Martil | 0 - 0 (2-4 tab) |
Ce tour a vu l'entrée en lice des clubs du GNF 2. Le tirage au sort a eu lieu le mercredi .
Seizièmes de finale
Ce tour a vu l'entrée en lice des clubs du GNF 1. Le tirage au sort a eu lieu le jeudi .
Huitièmes de finale
Le tirage au sort a eu lieu le mardi .
Quarts de finale
Le tirage au sort a eu lieu le mardi .
Demi-finales
Le tirage au sort a eu lieu le mardi .
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